Hallituksella on yleistoimivalta päättää kaikista yhtiön hallintoon ja muihin asioihin liittyvistä kysymyksistä, jotka lain tai yhtiöjärjestyksen mukaan eivät kuulu yhtiökokoukselle tai toimitusjohtajalle. Hallitus kokoontuu niin usein kuin on tarpeellista sen velvollisuuksien hoitamiseksi. Hallitus on päätösvaltainen, kun läsnä on enemmän kuin puolet sen jäsenistä. Hallituksen valitsee yhtiökokous. Yhtiöjärjestyksen mukaan yhtiön hallitukseen voi kuulua vähintään yksi (1) ja enintään kahdeksan (8) jäsentä. Mikäli varsinaisia jäseniä on vain yksi tai kaksi, hallitukseen valitaan myös yksi varajäsen. Hallituksen jäsenten ja mahdollisten varajäsenten toimikausi päättyy vaalia ensiksi seuraavan varsinaisen yhtiökokouksen päättyessä.
Hallitus arvioi jäsentensä riippumattomuutta säännöllisesti Suomen hallinnointikoodin mukaisesti. Viimeisimmän riippumattomuusarvioinnin perusteella kaikki ovat riippumattomia yhtiöstä, ja hallituksen jäsenet Katariina Lindholm, Tuomo Lähdesmäki, Juha Sarsama ja Krista Siljander ovat riippumattomia yhtiön merkittävistä osakkeenomistajista.
Hallituksen tehtävänä on huolehtia yhtiön hallinnosta ja toiminnan asianmukaisesta järjestämisestä sekä siitä, että yhtiön kirjanpidon ja varainhoidon valvonta on järjestetty asianmukaisesti. Hallitus käsittelee yhtiön ja sen tytäryhtiöiden toiminnan kannalta laajakantoiset ja periaatteellisesti tärkeät asiat. Fondia Oyj:n hallitus on vahvistanut kirjallisen työjärjestyksen hallituksen tehtävistä, käsiteltävistä asioista, kokouskäytännöstä ja päätöksentekomenettelystä.
Työjärjestyksen mukaisesti hallituksen keskeisiin tehtäviin kuuluu muun muassa:
Hallitus voi tarvittaessa perustaa valiokuntia (esimerkiksi tarkastusvaliokunnan ja palkitsemisvaliokunnan) sen vastuulle kuuluvien tehtävien valmistelua varten, mikäli yhtiön toiminnan laajuus tai hallituksen tehtävien tehokas hoitaminen tätä edellyttää. Tällä hetkellä Suomen hallinnointikoodin mukaisia tarkastusvaliokunnan tehtäviä hoitaa Fondia Oyj:n koko hallitus.